I begyndelsen af 1500-tallet var Clausholm ejet af Mogens Gøye, en af landets rigeste og mest indflydelsesrige adelsmænd. Ved hans død i 1544 blev Clausholm delt mellem børnene, Albrecht og Ellen Gøye. Som det ofte skete i 1500-tallet, blev også hovedbygningen delt, således at de flyttede ind med deres familier i hver sin del af bygningen. Det førte til stridigheder, som kulminerede med, at Ellen Gøye opførte en ny bygning så tæt ved broderens del af gården, at vinduerne ikke kunne åbnes.

Efter en kompliceret arvesag overtog Conrad Reventlow (1644-1708) rettighederne til Clausholm ved en højesteretsdom i 1686. Reventlow blev senere storkansler, der var et af hoffets højeste embeder. Han rev de gamle bygninger ned og opførte i stedet en ny hovedbygning, der stod færdig i 1699, og som er et af de bedst bevarede eksempler på herregårde i barokstil fra slutningen af 1600-tallet.

Slottet er indrettet sådan, at storkansleren selv boede i stueetagen, mens etagen ovenover var beregnet til kongeligt besøg. Førstesalen er derfor finere med højere til loftet og mere stuk. Både slot og park er et af de første og mest helstøbte barokanlæg i Danmark.

Conrad Reventlow døde i 1708 og Clausholm blev derefter ejet af enken, Sophie Amalie Hahn.

Parrets datter, Anne Sophie Reventlow, knytter sig til den næste periode af Clausholms liv. Kun 19 år gammel blev hun i 1712 bortført af kong Frederik IV (1671-1733). Kongen giftede sig med Anne Sophie til venstre hånd og udnævnte hende til fyrstinde af Slesvig.

I 1718 købte Frederik IV Clausholm og opførte, i perioden mellem 1722 og 1723, de mindre sidefløje mod syd. Efter dronning Louises død i 1721, giftede Frederik IV sig med Anne Sophie til højre hånd og kronede hende efterfølgende til dronning.

Frederik IV døde i 1730 og Christian VI (1699 - 1746), der ikke var venligt stemt mod sin stedmor, forviste dronning Anne Sophie til Clausholm, hvor hun levede til sin død omgivet af en stor hofstab. Dronningen døde i 1743, hofstaben og hendes ejendele blev spredt, mens Clausholm i 1758 overgik til nordmanden Mathias Vilhelm Huitfeldt. Yderligere oplysninger: http://www.danskeherregaarde.dk/manorholder/c/clausholm.aspx

I 1699 byggedes Skeelernes pompøse gravkapel med epitafiet til minde om Chresten Skeel den Riges søn, kammerjunker Jørgen Skeel (1656-1695). I kraft af sin arv var han landets rigeste adelsmand. Han var berejst i hele Europa og havde studeret ved Københavns Universitet. Han giftede sig i 1691 med den kun 13-årige Benedicte Margrethe Brockdorff fra Holsten, men døde pludselig 4 år senere, 39 år gammel. Den unge enke, hvis viljestyrke og selvbevidsthed der foreligger adskillige vidnesbyrd om, søgte og fik - efter 4 år - kongens tilladelse til et "tarveligt Epithaphium - med den Vilkor, at Kirken på sin Bygning ej derved tager skade". Denne vanskelige opgave blev da overladt til tidens førende billedhugger, som havde etableret sig med værksted i København, belgieren Thomas Quellinus, hvis gravkapel for oberst Hans Friis ved Hørning kirke ved Clausholm fra 1691 var i frisk erindring. Med Thomas Quellinus´ fornemme gravkapel og epitafium lades ingen tvivl tilbage om enkens ønske i retning af et varigt minde for den afdøde. Det er et af den europæiske barokkunsts fineste arbejder og et fornemt eksempel på, hvordan den kunstneriske og arkitektoniske orientering efter reformationen gik imod Nederlandene.


Smedejernsgitteret, som danner indgang til gravkapellet, er det første i rækken af de stilfulde portalgitre, som er karakteristiske for Thomas Quellinus´gravminder i Danmark, og som med rimelig sikkerhed formodes at være tegnet af billedhuggeren selv. I halvbuen over dørene ses springværk-lignende slyngninger, som omslutter Benedicte Margrethe Brockdorff´s navnetræk. Lågernes nederste felt er udfyldt af en symmetrisk dekoration, mens det øverste felt består af jernstænger og mellem disse bølgeformede jernspidser. På dørrammen er sat rosetter. I et gelænder af smedejern rundt om åbningen til kapellets krypt ses også rosetter i regelmæssigt mønster og over dem en smal frise med akantusslyng.


Kammerjunker Jørgen Skeel´s portrætmedaillon på sarkofagen i kapellets krypt. Bemærk, hvordan paryk og skærf vælder ud over medaillonkanten - et karakteristisk træk for billedhuggeren. Ved kammerjunkerens "Liig-begengelse d. 23. april 1695 var en Høy-Adelig og Høyanseelig Folcke-riig Forsamling" forsamlet i "Estrups Sogne-Kircke i Auning".


Thomas Quellinus´s marmorepitafium i kapellet på nordsiden af Auning kirke er af sagkyndige kaldt "et af billedhuggerens ypperste og mest holdningsfulde værker." Dets flotte rejsning understreges af rummets arkitektoniske udformning, som også er kendetegnende for Quellinus: en indgang gennem en smedejernsportal til et kvadratisk rum, hvor gulvet er hævet nogle trin over kirkens gulv. Midt for indgangen fører en trappe ned til en krypt.

På epitafiet er kammerjunkeren fremstillet hvilende på en svær sarkofag i rødflammet marmor og omgivet af 4 dyder: Retfærdighedens, Klogskabens, Rygtets og Mådeholdets gudinder. Baggrundsudsmykningen er i sort og hvid marmor, hvor 4 søjler bærer en gesims med en brudt fronton. Over kammerjunkeren ses B. M. Brockdorff´s portræt og monogram, og på fløjene ses våben-mærkerne for henholdsvis kammerjunkeren og hustruen.


I dag står både kammerjunkerens og oberstens marmor-sarkofager i krypten sammen med 5 andre, og i niveau med epitafiet står 8 sandstens-sarkofager. Den sidste er fra 1844.


Sammenligner man de våbenmærker og hjelmtegn på epitafiets sidefelter, som udgør Jørgen Skeels og Benedicte Margrethe Brockdorffs anerækker, er det påfaldende, at hjelmtegnene er slået af og våbenmærkerne slebet ned i hustruens side. Det kan skyldes, at hun aldrig gjorde brug af den gravplads, hun havde forberedt for sig selv her, men overlod den til den søn, som var i vente, da hun pludselig stod med ansvaret for et af Jyllands største herresæder. Denne søn, Christen Scheel, blev oberst ved Fynske Livregiment, men døde 36 år gammel - endnu yngre end sin far. Benedicte Margrethe Brockdorff selv blev gift med greve Chr. Ditlev Reventlow i 1700 og flyttede med ham ind på Krenkerup på Lolland.