Pederstrup fungerede som forpagtergård under grevskabet, indtil den senere statsminister greve Christian Ditlev Frederik Reventlow, som overtog grevskabet Christianssæde i 1775, gjorde Pederstrup til grevskabets hovedsæde, da han i 1813 trak sig tilbage fra sin embedskarriere i København for at slå sig ned med familien på Lolland.

I 1699 byggedes Skeelernes pompøse gravkapel med epitafiet til minde om Chresten Skeel den Riges søn, kammerjunker Jørgen Skeel (1656-1695). I kraft af sin arv var han landets rigeste adelsmand. Han var berejst i hele Europa og havde studeret ved Københavns Universitet. Han giftede sig i 1691 med den kun 13-årige Benedicte Margrethe Brockdorff fra Holsten, men døde pludselig 4 år senere, 39 år gammel. Den unge enke, hvis viljestyrke og selvbevidsthed der foreligger adskillige vidnesbyrd om, søgte og fik - efter 4 år - kongens tilladelse til et "tarveligt Epithaphium - med den Vilkor, at Kirken på sin Bygning ej derved tager skade". Denne vanskelige opgave blev da overladt til tidens førende billedhugger, som havde etableret sig med værksted i København, belgieren Thomas Quellinus, hvis gravkapel for oberst Hans Friis ved Hørning kirke ved Clausholm fra 1691 var i frisk erindring. Med Thomas Quellinus´ fornemme gravkapel og epitafium lades ingen tvivl tilbage om enkens ønske i retning af et varigt minde for den afdøde. Det er et af den europæiske barokkunsts fineste arbejder og et fornemt eksempel på, hvordan den kunstneriske og arkitektoniske orientering efter reformationen gik imod Nederlandene.


Smedejernsgitteret, som danner indgang til gravkapellet, er det første i rækken af de stilfulde portalgitre, som er karakteristiske for Thomas Quellinus´gravminder i Danmark, og som med rimelig sikkerhed formodes at være tegnet af billedhuggeren selv. I halvbuen over dørene ses springværk-lignende slyngninger, som omslutter Benedicte Margrethe Brockdorff´s navnetræk. Lågernes nederste felt er udfyldt af en symmetrisk dekoration, mens det øverste felt består af jernstænger og mellem disse bølgeformede jernspidser. På dørrammen er sat rosetter. I et gelænder af smedejern rundt om åbningen til kapellets krypt ses også rosetter i regelmæssigt mønster og over dem en smal frise med akantusslyng.


Kammerjunker Jørgen Skeel´s portrætmedaillon på sarkofagen i kapellets krypt. Bemærk, hvordan paryk og skærf vælder ud over medaillonkanten - et karakteristisk træk for billedhuggeren. Ved kammerjunkerens "Liig-begengelse d. 23. april 1695 var en Høy-Adelig og Høyanseelig Folcke-riig Forsamling" forsamlet i "Estrups Sogne-Kircke i Auning".


Thomas Quellinus´s marmorepitafium i kapellet på nordsiden af Auning kirke er af sagkyndige kaldt "et af billedhuggerens ypperste og mest holdningsfulde værker." Dets flotte rejsning understreges af rummets arkitektoniske udformning, som også er kendetegnende for Quellinus: en indgang gennem en smedejernsportal til et kvadratisk rum, hvor gulvet er hævet nogle trin over kirkens gulv. Midt for indgangen fører en trappe ned til en krypt.

På epitafiet er kammerjunkeren fremstillet hvilende på en svær sarkofag i rødflammet marmor og omgivet af 4 dyder: Retfærdighedens, Klogskabens, Rygtets og Mådeholdets gudinder. Baggrundsudsmykningen er i sort og hvid marmor, hvor 4 søjler bærer en gesims med en brudt fronton. Over kammerjunkeren ses B. M. Brockdorff´s portræt og monogram, og på fløjene ses våben-mærkerne for henholdsvis kammerjunkeren og hustruen.


I dag står både kammerjunkerens og oberstens marmor-sarkofager i krypten sammen med 5 andre, og i niveau med epitafiet står 8 sandstens-sarkofager. Den sidste er fra 1844.


Sammenligner man de våbenmærker og hjelmtegn på epitafiets sidefelter, som udgør Jørgen Skeels og Benedicte Margrethe Brockdorffs anerækker, er det påfaldende, at hjelmtegnene er slået af og våbenmærkerne slebet ned i hustruens side. Det kan skyldes, at hun aldrig gjorde brug af den gravplads, hun havde forberedt for sig selv her, men overlod den til den søn, som var i vente, da hun pludselig stod med ansvaret for et af Jyllands største herresæder. Denne søn, Christen Scheel, blev oberst ved Fynske Livregiment, men døde 36 år gammel - endnu yngre end sin far. Benedicte Margrethe Brockdorff selv blev gift med greve Chr. Ditlev Reventlow i 1700 og flyttede med ham ind på Krenkerup på Lolland.