I begyndelsen af 1500-tallet var Clausholm ejet af Mogens Gøye, en af landets rigeste og mest indflydelsesrige adelsmænd. Ved hans død i 1544 blev Clausholm delt mellem børnene, Albrecht og Ellen Gøye. Som det ofte skete i 1500-tallet, blev også hovedbygningen delt, således at de flyttede ind med deres familier i hver sin del af bygningen. Det førte til stridigheder, som kulminerede med, at Ellen Gøye opførte en ny bygning så tæt ved broderens del af gården, at vinduerne ikke kunne åbnes.

Efter en kompliceret arvesag overtog Conrad Reventlow (1644-1708) rettighederne til Clausholm ved en højesteretsdom i 1686. Reventlow blev senere storkansler, der var et af hoffets højeste embeder. Han rev de gamle bygninger ned og opførte i stedet en ny hovedbygning, der stod færdig i 1699, og som er et af de bedst bevarede eksempler på herregårde i barokstil fra slutningen af 1600-tallet.

Slottet var indrettet sådan, at storkansleren selv boede i stueetagen, mens etagen ovenover var beregnet til kongeligt besøg. Førstesalen er derfor finere med højere til loftet og mere stuk. Både slot og park er et af de første og mest helstøbte barokanlæg i Danmark.

Conrad Reventlow døde i 1708 og Clausholm blev derefter ejet af enken, Sophie Amalie Hahn.

Parrets datter, Anne Sophie Reventlow, knytter sig til den næste periode af Clausholms liv. Kun 19 år gammel blev hun i 1712 bortført af kong Frederik IV (1671-1733). Kongen giftede sig med Anne Sophie til venstre hånd og udnævnte hende til fyrstinde af Slesvig.

I 1718 købte Frederik IV Clausholm og opførte, i perioden mellem 1722 og 1723, de mindre sidefløje mod syd. Efter dronning Louises død i 1721, giftede Frederik IV sig med Anne Sophie til højre hånd og kronede hende efterfølgende til dronning.

Frederik IV døde i 1730 og Christian VI (1699 - 1746), der ikke var venligt stemt mod sin stedmor, forviste dronning Anne Sophie til Clausholm, hvor hun levede til sin død omgivet af en stor hofstab. Dronningen døde i 1743, hofstaben og hendes ejendele blev spredt, mens Clausholm i 1758 overgik til nordmanden Mathias Vilhelm Huitfeldt.

Yderligere oplysninger: Danske Herregårde

        Herunder hviler det Forgjængelige af
Christian greve af Stolberg

I en lang Række af Aar var han Amtmand i Reinbek
Tremsbüttel og Trittau og siden Aaret 1800 
Eier af Godset Windeby ved Eckernförde hvor 
han døde i Januar 1820 efter at have levet et
langt og kjærligt Ægteskab Luise Frederike Reventlow

Han agtedes høit af alle dem som i ham kjendte 
den ligesaa ædle blide Embedsmand og Videnskabs-
dyrker som trofaste Ven og aandrige Digter

Ved hans faders, Dronning Sophie Magdalenes Over-
hofmesters Forslag og Tilskyndelse tilvejebragtes
nogle af de første Skridt til forbedrede Kaar
hos Bondestanden i de tidligere Hirschholms Amt 
benævnte kongelige Domæner og hine Bondestan-
dens sande Venner og hver god Sags Befordrere
Danmarks Andreas Petrus Bernstorff, Christian 
Ditlev Frederik Reventlow til Christianssæde
og Johan Ludvig Reventlow til Brahetrolleborg
vare hans nøie med ham forenede Svogre

Det var i hans sidste Øieblikke at han mindede
om Frelserens trøstefulde Forjættelse i Lucas 
Evangelium 11te cap 9nde Vers hvor det hedder, Beder 
saa skal eder gives - Leder, saa skulle I finde,
Banker paa, saa skal eder oplades, dertil føjede:

Ich suchte dich und flehte dir
nur stehe Ich klopfend an der Thür

Mærkelige Ord som med Blikket hæftet paa den i
Troen på Christi guddommelige Tilsagn døende
fromme Stolberg saaledes kunde gjengives:

Dig søgte jeg og bønhørt bad til Dig
nu banker jeg og Døren aabner sig